Автоимунното заболяване е следствие от хиперактивността на имунната система, която излиза извън ролята си на защита срещу външни агенти и атакува собствените клетки на организма. Белите кръвни клетки, наречени лимфоцити, се активират "необичайно" от външни елементи, които нарушават имунната система на пациенти, които имат генетични предразположения. Тези активирани лимфоцити след това "атакуват" тъканите, като действат или директно като Т-лимфоцити, или чрез автоантитела, произвеждани от В-лимфоцитите.

Тази агресия в тъканите предизвиква възпалителна реакция, в която участват и други клетки на имунитета (полиморфонуклеарни и макрофаги), които засилват увредите.

Автоимунните заболявания са често срещани и засягат общо 3-5% от населението в страни като Франция.

Схематично има два основни вида автоимунни заболявания:

• Системни автоимунни заболявания, т.е. заболявания, които могат да засегнат няколко органа, като ревматоиден артрит, системен лупус еритематозус, системна склероза (склеродермия), синдром на Сьогрен и някои васкулити. Докато ревматоидният артрит е често срещан (около 3 млн. пациенти в Европа), други заболявания са по-редки, като лупус, който засяга около 300 000 до 400 000 пациенти в Европа.

• Органните автоимунни заболявания са локализирани в един орган, като диабет тип I (засягане на панкреаса), тиреоидит (засягане на щитовидната жлеза), множествена склероза (увреждане на главния и гръбначния мозък), някои увреждания на черния дроб (чернодробни заболявания) или увреждане на кожата (булозен пемфигоид). Сред тези състояния някои са често срещани, като диабет тип I или тиреоидит, а други са много по-редки, като например чернодробни заболявания. Тези заболявания могат да съществуват самостоятелно или в комбинация, като например първична билиарна цироза със системна склеродермия (синдром на Рейнолдс).