Изследователският протокол е проучване, чиято цел е да се подобрят знанията за честотата на поява, механизмите и лечението на дадено заболяване.

Разграничават се протоколи за фундаментални изследвания, които имат за цел да подобрят разбирането на причините за заболяването, и протоколи за клинични и терапевтични изследвания, чиито цели са да се разбере по-добре заболяването и да се изпитат нови лечения или терапевтични стратегии в сравнение с познато досега лечение или плацебо.

Включването в някой от тези протоколи може да стане само след получаване на съгласието на пациента, който е прочел информационен лист и е подписал информирано съгласие. Изпълнението на даден протокол за изследване изисква намирането на спонсор, получаването на съгласието на консултативния комитет за защита на изследваните лица и получаването на финансиране за осъществяването и практическото изпълнение на изследването.

Изследователските протоколи за системен лупус стават все по-многобройни. Често това са европейски или международни протоколи. През последните 15 години те са довели до много успехи в лечението и откриване на нови терапевтични мишени. Понастоящем големи надежди се възлагат на новите имуномодулиращи лекарства, които са в процес на изпитване.