При лупус ваксинациите най-често се препоръчват, но с някои предпазни мерки.

Ваксинирането трябва да се избягва доколкото е възможно по време на обостряне на заболяването, но, ако е необходимо, може да се направи.

В случай на продължителна кортикостероидна терапия с повече от 10 mg преднизон дневно и особено в случай на имуносупресивна терапия, живите атенюирани ваксини са противопоказани поради риск от силна реакция към ваксината (ваксината срещу жълта треска, варицела зостер, рубеола, морбили и паротит). Оралната ваксина срещу полиомиелит и БЦЖ, които също са живи ваксини, никога не се препоръчват в зряла възраст.

Приемът на кортикостероиди и особено на имуносупресори може да намали ефективността на ваксините,но не е противопоказание за приложението им (с изключение на ваксините с живи атенюирани вируси).

Някои ваксини са силно препоръчителни, особено ако е предписано продължително имуносупресивно лечение: ваксинация срещу COVID-19, ваксинация срещу грип, ваксинация срещу пневмококи.

Тъй като папиломавирусните инфекции се срещат по-често при пациенти с лупус, на младите момчета и момичета с лупус може да се предложи ваксинация срещу HPV, в идеалния случай преди първите сексуални отношения.

Много се говори за риска от поява или начало на лупус или други автоимунни заболявания след ваксинация срещу хепатит В. Епидемиологичните проучвания не са потвърдили наличието на категорична връзка. Ако по професионални причини или поради риск от експозиция е необходима ваксинация срещу хепатит В, тя може да се направи. Понякога обаче са необходими повече апликации, за да се осигури достатъчно ваксинално покритие.