Протоколи дослідження - це дослідження, метою яких є поглиблення знань про частоту виникнення захворювання, його механізми та лікування захворювання.

Розрізняють протоколи фундаментальних досліджень, які спрямовані на покращення розуміння причин захворювання, та протоколи клініко-терапевтичних досліджень, метою яких є краще розуміння захворювання та випробування нових методів лікування або терапевтичних тактик у порівнянні з референтним лікуванням або плацебо.

Включення в один з цих протоколів може відбутися лише після отримання згоди пацієнта, який ознайомився з інформаційним листком та підписав інформовану згоду. Реалізація протоколу дослідження вимагає пошуку спонсора, отримання згоди консультативної комісії з питань захисту прав людини, а також отримання фінансування на реалізацію та практичне виконання дослідження.

Протоколи досліджень СЧВ стають все більш численними. Часто це європейські або міжнародні протоколи. За останні 15 років вони сприяли багатьом досягненням в управлінні та вивченні нових терапевтичних цілей. Великі надії в даний час покладаються на нові імуномодулюючі препарати, що знаходяться на стадії дослідження.