Під час вовчака найчастіше рекомендуються проводити щеплення згідно календаря, але з деякими застереженнями.

Під час загострення захворювання слід максимально уникати вакцинації, однак вона можлива у разі необхідності.

У разі тривалої терапії кортикостероїдами, більше 10 мг на добу за преднізолоном і особливо у разі імуносупресивної терапії живі ослаблені вакцини протипоказані через ризик розвитку сильної реакції на вакцину (наприклад вакцина проти жовтої лихоманки, вітряної віспи, краснухи, кору та епідемічного паротиту). Пероральні вакцини проти поліомієліту та БЦЖ, які також є живими вакцинами не рекомендуються в дорослому віці.

Прийом кортикостероїдів, а особливо імунодепресантів, може знижувати ефективність вакцин,, але не є протипоказанням до їх застосування (за винятком випадків застосування живих ослаблених вірусних вакцин).

Деякі вакцини наполегливо рекомендуються, особливо якщо протягом тривалого часу пацієнт приймав імуносупресивне лікування: вакцинація проти COVID-19, вакцинація проти грипу, вакцинація проти пневмококової інфекції.

Оскільки папіломавірусні інфекції частіше зустрічаються у хворих на вовчак, юнакам та дівчатам, хворим на вовчак, можна запропонувати вакцинацію проти ВПЛ в ідеалі до початку статевих стосунків.

Часто обговорюється ризик виникнення вовчака або інших аутоімунних захворювань після вакцинації вакциною проти гепатиту В. Епідеміологічні дослідження не підтвердили існування певного зв'язку. Якщо з професійних причин або через ризик зараження вакцинація проти гепатиту В є необхідною, вона можлива. Однак іноді для забезпечення достатнього охоплення вакцинацією може знадобитися більша кількість ін'єкцій.