MRI koristi magnetnu energiju protona kako bi sa velikom preciznošću proučila mnoge organe kao što su mozak, kičma, zglobovi i meka tkiva. Izuzetno je korisna kada je potrebna vrlo detaljna analiza, a neka oštećenja nisu vidljiva na standardnim rendgenskim snimcima, ultrazvuku ili CT skenovima. Omogućava prikaz slika preseka u različitim ravnima i rekonstrukciju analizirane strukture u tri dimenzije.