В большинстве случаев расстройства пищеварения не связаны с волчанкой. Пищеварительный тракт редко поражается при этом заболевании. Чаще всего расстройства пищеварения связаны с приемом лекарств, например, НПВП, синтетических противомалярийных препаратов или иммунодепрессантов. Лекарства могут вызвать изжогу, тошноту, боли в животе, плохое пищеварение или даже диарею. Некоторые симптомы носят временный характер и самопроизвольно исчезают через несколько недель лечения, особенно те, что связаны с приемом синтетических противомалярийных препаратов. В других случаях изжога может стать поводом для эндоскопического исследования — чтобы убедиться в отсутствии воспаления или язвы слизистой оболочки. Стресс, тревога, табак и алкоголь тоже могут вызвать расстройство пищеварения. В исключительных случаях возможно поражение сосудов в результате воспаления или тромбоза пищеварительных сосудов. Тогда пациенты описывают спазмы в животе во время пищеварения. Это также может быть функциональная колопатия («синдром раздраженного кишечника»), которая встречается в общей популяции.