MR bruker magnetisk energi fra protoner til å studere mange organer som hjernen, ryggraden, ledd og bløtvev med stor presisjon. Den er svært nyttig når det er nødvendig med en svært fin analyse, og enkelte lesjoner ikke er synlige på vanlige røntgenbilder, ultralyd eller CT-skanninger. Den gjør det mulig å ta tverrsnittsbilder i ulike plan og rekonstruere den analyserte strukturen i tre dimensjoner.