Taip, su sistemine vilklige gali būti susijusios kelios autoimuninės ligos. Tikėtina, kad šias asociacijas lemia bendra genetinė kilmė.

Vis dėlto, jei Sjögreno sindromas, pasireiškiantis daugiausia burnos ir (arba) akių sausumu, maždaug 20 % atvejų gali būti susijęs su vilklige, jis dažnai būna ne toks sunkus kaip atskirai pasireiškiantis Sjögreno sindromas (dar vadinamas pirminiu). Panašiai ir antifosfolipidinių antikūnų buvimas yra dažnas pačios vilkligės požymis. Kai šie antikūnai sukelia kraujo krešulių susidarymą (trombozę), tai vadinama antifosfolipidiniu sindromu, tačiau tai yra specifinė klinikinė ligos išraiška. Kalbant apie Raynaud fenomeną, tai vienas iš požymių, dažnai pastebimų sergant sistemine vilklige.

Dar rečiau sisteminė vilkligė gali būti siejama su kita autoimunine liga, turinčia klinikinę išraišką, pavyzdžiui, reumatoidiniu artritu, sklerodermija ar uždegimine miopatija. Tai vadinama persidengiančiu sindromu (sisteminė vilkligė + kita jungiamojo audinio liga).