Skiriami pagrindinių tyrimų protokolai, kuriais siekiama geriau suprasti ligos patofiziologiją, ir klinikinių bei terapinių tyrimų protokolai, kuriais siekiama įvertinti ligą ir išbandyti naujus gydymo būdus arba naujas gydymo strategijas, lyginant jas su etaloniniu gydymu arba placebu.

Pacientą įtraukti į tyrimo protokolą galima tik gavus jo sutikimą - perskaičius ir pasirašius informacinį dokumentą ir informuoto asmens sutikimo formą. Norint įgyvendinti tyrimo protokolą, reikia surasti rėmėją, gauti asmenų apsaugos patariamojo komiteto sutikimą ir gauti finansavimą tyrimui parengti ir praktiškai įgyvendinti.