Gli anticorpi anti-DNA sono un sottogruppo di anticorpi anti-nucleo individuati da test di identificazione specifici. Questi test sono essenzialmente immunoenzimatici, e prendono il nome di ELISA (Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay) e test di Farr. L'obiettivo di questi test è identificare e quantificare una reazione autoimmune sviluppata contro il DNA dei cromosomi. Questo DNA cromosomico è detto nativo, perché è in realtà un DNA "puro", composto dalla famosa doppia elica. I veri marcatori del lupus sono quindi gli anticorpi anti-DNA nativo, ma non gli anticorpi anti-DNA denaturato (che sono formati da una sola elica). Gli anticorpi anti-DNA denaturato possono essere rilevati in molte circostanze, patologiche e non, e la loro ricerca non è utile per diagnosticare o trattare il lupus.

Gli anticorpi anti DNA nativo sono molto caratteristici del lupus, ma non sono presenti in tutti i pazienti. Questi anticorpi anti-DNA nativo sono eccellenti marcatori diagnostici del lupus, presenti fin dall'inizio della malattia. Tuttavia, vengono rilevati solo nel 60-70% dei pazienti, in particolare quando la malattia è attiva. In altre parole, si può soffrire di lupus vero e proprio senza anticorpi anti DNA nativo. In questo caso, si hanno certamente anticorpi antinucleari diretti contro altre strutture del nucleo (ad esempio: anti-Ro/SS-A e/o anti-La/SS-B), ma è anche possibile che gli anticorpi anti-DNA nativo compaiano più tardi, nel corso della malattia.

Gli anticorpi anti DNA nativo possono causare direttamente danni tipici del lupus, come quelli ai reni. I livelli di anticorpi anti-DNA variano con l'attività della malattia. Gli anticorpi anti-DNA nativo hanno anche un ruolo patogenetico, perché, depositandosi nel rene dei pazienti, causano una nefropatia glomerulare.

Più la malattia è attiva, più alti saranno i livelli di anticorpi anti-DNA nativo nel sangue. Pertanto, se si è affetti da lupus con anticorpi anti-DNA anti-nativo, il medico utilizzerà questo test per seguire il decorso della malattia.