Η μαγνητική τομογραφία χρησιμοποιεί τη μαγνητική ενέργεια των πρωτονίων για να μελετήσει με μεγάλη ακρίβεια πολλά όργανα όπως ο εγκέφαλος, η σπονδυλική στήλη, οι αρθρώσεις και οι μαλακοί ιστοί. Είναι πολύ χρήσιμη όταν απαιτείται πολύ λεπτή ανάλυση και ορισμένες βλάβες δεν είναι ορατές στις συνήθεις ακτίνες Χ, στους υπερήχους ή στις αξονικές τομογραφίες. Καθιστά δυνατή τη λήψη εικόνων διατομής σε διάφορα επίπεδα και την τρισδιάστατη ανακατασκευή της αναλυόμενης δομής.