Ohne Behandlung verläuft der Lupus in Schüben, die sich mit Phasen relativer Ruhe abwechseln. Leider kann dieser "natürliche" Verlauf ohne angemessene Behandlung nicht nur zu irreversiblen Schäden an den von der Krankheit betroffenen Organen, insbesondere den Nieren (Nierenversagen) und dem Gehirn, führen, sondern auch das Leben des Patienten gefährden.

Unter Behandlung entwickelt sich der Lupus in der Regel in Richtung "Remission": Verschwinden der klinischen Symptome und Verbesserung bestimmter Laborbefunde, wie z. B. des Spiegels der Anti-dsDNA-Antikörper. Antinukleäre Antikörper bleiben jedoch häufig vorhanden, selbst wenn der Lupus vollständig unter Kontrolle ist. Ziel ist es, die "Remission" mit einer minimal dosierten Therapie (minimal wirksame Behandlung) aufrechtzuerhalten.

Dies bedeutet in der Regel eine Behandlung mit synthetischen Antimalariamitteln (wie Hydroxychloroquin), die mehrere Jahre nach Erreichen der Remission eingenommen werden müssen.

Auch Kortison und manchmal Immunsuppressiva werden langfristig verschrieben.

Wenn die Behandlung ohne vorzeitige Unterbrechungen gut befolgt wird, ist das Risiko von Schüben geringer und sie sind seltener. Eine frühzeitige und ausreichend intensive Behandlung der Schübe ermöglicht es, die Folgeerscheinungen erheblich zu begrenzen und einen tödlichen Ausgang zu vermeiden, der heute sehr selten geworden ist.