In den meisten Fällen stehen Verdauungsstörungen in keinem Zusammenhang mit Lupus. Der Verdauungstrakt ist bei dieser Krankheit nur selten betroffen. Verdauungsstörungen stehen meist im Zusammenhang mit der Einnahme von Medikamenten, z. B. Entzündungshemmern, synthetischen Antimalariamitteln oder Immunsuppressiva. Es kann zu Sodbrennen, Übelkeit, Bauchschmerzen, schlechter Verdauung oder sogar Durchfall kommen. Einige Symptome sind vorübergehend, vor allem im Zusammenhang mit der Einnahme synthetischer Antimalariamittel, und verschwinden spontan nach einigen Wochen der Behandlung. In anderen Fällen kann Sodbrennen eine endoskopische Untersuchung des Magen-Darm-Traktes („Magenspiegelung“) rechtfertigen, um sicherzustellen, dass keine Entzündung oder ein Geschwür der Schleimhaut vorliegt. Stress, Angstzustände, Tabak und Alkohol sind ebenfalls häufige Ursachen für Verdauungsstörungen. In selteneren Fällen kann eine Gefäßbeteiligung durch Entzündung oder Thrombose der Verdauungsgefäße auftreten. Die Patienten beschreiben dann "Krämpfe" im Unterleib während der Verdauung. Es kann sich auch um eine funktionelle Darmerkrankung ("Reizdarm") handeln, wie sie in der Allgemeinbevölkerung zu beobachten ist.