Sie stehen selten in direktem Zusammenhang mit der Krankheitsaktivität. Dennoch klagen Lupus-Patienten häufig über Kopfschmerzen. Meistens handelt es sich dabei um so genannte "Spannungskopfschmerzen", die durch Stress verursacht werden und nicht direkt mit Lupus zusammenhängen (außer dass Stress mit einer chronischen Krankheit zusammenhängen kann).

Manchmal handelt es sich um einseitige Migräne, der manchmal Sehstörungen vorausgehen, oder um eine Nasennebenhöhlenentzündung, die nichts mit Lupus zu tun hat. In seltenen Fällen können Kopfschmerzen auf eine Komplikation hinweisen, die speziell mit Lupus zusammenhängt, wie z. B. ein Schlaganfall oder Bluthochdruck. In diesen Fällen widerstehen die Kopfschmerzen den üblichen Schmerzbehandlungen (oder sind resistent dagegen), sie halten mehrere Tage lang an und werden oft von anderen Symptomen begleitet. Es ist notwendig, rasch einen Arzt aufzusuchen, der nach einer eingehenden klinischen Untersuchung die Notwendigkeit zusätzlicher neurologischer Untersuchungen (CT oder MRT des Gehirns) abwägen wird.