Без лечение лупусът прогресира с пристъпи, редуващи се с фази на относително спокойствие. За съжаление този "естествен" ход, без подходящо лечение, може да доведе не само до необратимо увреждане на засегнатите от болестта органи, по-специално бъбреците (бъбречна недостатъчност) и мозъка, но и да застраши живота на пациента.

При лечението лупусът обикновено преминава към "ремисия": изчезване на клиничните признаци и подобряване на някои биологични показатели, като например нивото на анти-ДНК антителата. Въпреки това антинуклеарните антитела често остават налични, дори когато лупусът е напълно овладян. Целта е да се поддържа "ремисия" с минимална доза терапия (минимално ефективно лечение).

Това обикновено означава лечение със синтетични антималарийни средства (като хидроксихлорохин, хлорохин), които трябва да се приемат няколко години след постигане на ремисия.

Дългосрочно се предписва и кортизон, а понякога и имуносупресори.

Ако лечението се спазва добре, без преждевременни прекъсвания, рискът от пристъпи е по-малък и те са по-редки. Ранното и достатъчно интензивно лечение на пристъпите дава възможност за значително ограничаване на последствията и избягване на фатален изход, който днес е станал много рядък.