В повечето случаи храносмилателните разстройства не са свързани с лупус. Храносмилателният тракт рядко е засегнат. Стомашно-чревният дискомфорт най-често е свързаан с лекарства, като например противовъзпалителните средства, синтетични антималарийните препарати и имуносупресорите. Възможно е да има киселини, гадене, болки в корема, лошо храносмилане или дори диария. Някои симптоми са временни, особено тези, свързани с приема на синтетични антималарици, които изчезват спонтанно след няколко седмици лечение. В други случаи киселините могат да наложат извършването на фиброгастроскопия, за да се отхвърли липсата на възпаление или язва. Стресът, тревожността, тютюнът и алкохолът също са чести причини за стомашно-чревни нарушения. В изключителни случаи може да се стигне до засягане на кръвоносните съдове от възпаление или тромбоза. Тогава пациентите описват "спазми" в корема по време на хранене. Може да се касае и за функционално нарушение ("дразнимо черво"), каквото се наблюдава и в общата популация.