Инсултът е рядкост. Все пак инсултът, от тромб, който запушва артерия в мозъка (тромбоза), може да бъде усложнение на лупуса. Тромбозата обикновено се причинява отантифосфолипиден синдром, свързан с лупуса, но също така и от възможна по-ранна атеросклероза (развитие на атеромна плака, която може да се отдели и да запуши артерия в мозъка). Предотвратяването на рецидивите става чрез продължително антикоагулантно лечение, целящо стойности на INR (протромбиново време) между 2 и 3 или дори между 3 и 3,5 в контекста на антифосфолипидния синдром.

Ако инсултът се дължи на атеросклероза, той се лекува като обикновен инсулт, като се вземат предвид съдовите рискови фактори и се предпишат антиагрегантни средства. Понякога е трудно „лупусния“ инсулт да се отличи от инсулта, засягащ общата популация (и е усложнение на атеросклерозата).