Да, няколко автоимунни заболявания могат да бъдат свързани със системен лупус. Общият генетичен терен вероятно е причина за тези асоциации.

Независимо от това, ако синдромът на Сьогрен, който се изразява главно в сухота в устата и/или очите, е свързан с лупус (както е в около 20% от случаите), той често е по-лек и по-малко инвалидизиращ от изолирания синдром на Сьогрен (наричан още първичен). По подобен начин наличието на антифосфолипидни антитела е често срещан признак на самия лупус. Когато тези антитела причиняват образуване на кръвни съсиреци (тромбоза), това се нарича антифосфолипиден синдром, но той е специфична клинична проява на заболяването. Що се отнася до феномена на Рейно, той е един от признаците, често наблюдавани при системен лупус.

В по-редки случаи системният лупус може да се свърже с друго автоимунно заболяване като ревматоиден артрит, склеродермия или възпалителна миопатия. Това се нарича синдром на припокриване (системен лупус + друго заболяване на съединителната тъкан).