Так, декілька аутоімунних захворювань одночасно можуть бути асоційовані з системним червоним вовчаком. Причиною цих асоціацій, ймовірно, є спільний генетичний фон.

Проте, якщо синдром Шегрена, який проявляється в основному сухістю в роті і / або очах, може бути пов'язаний з вовчаком приблизно в 20% випадків, його перебіг досить часто є менш важким і менш інвалідизуючим, ніж у випадку ізольованого синдрому Шегрена (так званий первинний синдром Шегрена). Аналогічно, наявність антифосфоліпідних антитіл є частим проявом самого вовчака. У випадку якщо ці антитіла викликають утворення згустків крові (тромбози), дане ускладнення називається антифосфоліпідним синдромом, однак воно є специфічним клінічним проявом СЧВ. Що стосується феномену Рейно, то це одна з ознак, яка часто спостерігається при системному червоному вовчаку.

У рідкісних випадках системний червоний вовчак може перебігати у комбінації із іншим аутоімунним захворюванням, таким як ревматоїдний артрит, склеродермія або запальна міопатія. Це називається перехресий синдром або “overlap” синдромом (системний червоний вовчак + інше захворювання сполучної тканини).