Pravi se razlika između protokola osnovnog istraživanja, koji imaju za cilj poboljšanje razumevanja patofiziologije bolesti, i kliničkih i terapijskih protokola istraživanja, koji imaju za cilj procenu bolesti i testiranje novih tretmana ili novih terapijskih strategija u poređenju sa referentnim tretmanom ili placebo efektom.

Uključivanje pacijenta u istraživački protokol može se izvršiti samo nakon što pacijent da saglasnost čitanjem i potpisivanjem informativnog dokumenta i obrasca informisanog pristanka. Implementacija istraživačkog protokola zahteva pronalaženje sponzora, dobijanje saglasnosti savetodavnog komiteta za zaštitu osoba i obezbeđivanje sredstava za postavljanje i praktičnu realizaciju studije.