Autoimmuunisairaus on seurausta sellaisen immuunijärjestelmän yliaktiivisuudesta, joka ylittää tehtävänsä puolustautua ulkoisia tekijöitä vastaan ja hyökkää kehon omia soluja vastaan. Lymfosyyteiksi kutsutut valkosolut aktivoituvat "epänormaalisti" ulkoisten tekijöiden vaikutuksesta, jotka häiritsevät sellaisten potilaiden immuunijärjestelmää, joilla on siihen geneettisiä taipumuksia. Nämä aktivoituneet lymfosyytit "hyökkäävät" sitten omien kudosten kimppuun toimimalla joko suoraan T-lymfosyyttien tavoin tai B-lymfosyyttien tuottamien autovasta-aineiden välityksellä.

Tämä aggressio aiheuttaa kudoksissa tulehdusreaktion, johon osallistuu muita immuniteettisoluja (polymorfonukleaarisia soluja ja makrofageja), jotka vahvistavat vaurioita.

Autoimmuunisairaudet ovat yleisiä, ja esimerkiksi Suomessa niitä sairastaa 3-5 prosenttia väestöstä.

Autoimmuunisairauksia on kaksi päätyyppiä:

• Systeemiset autoimmuunisairaudet eli sairaudet, jotka voivat vaikuttaa useisiin elimiin, kuten nivelreuma, systeeminen lupus erythematosus, systeeminen skleroosi (skleroderma), Sjögrenin oireyhtymä ja tietyt vaskuliitit. Nivelreuma on yleinen (noin 3 miljoonaa potilasta Euroopassa), mutta muut sairaudet ovat harvinaisempia, kuten lupus, jota sairastaa koko Euroopassa noin 300 000-400 000 potilasta.

• Elinten autoimmuunisairaudet (eli yksittäiseen elimeen rajoittuvat sairaudet), kuten tyypin I diabetes (haima), kilpirauhastulehdus (kilpirauhasen vaurioituminen), multippeliskleroosi (aivojen ja selkäytimen vaurioituminen), tietyt maksasairaudet tai ihovauriot (bulloosi pemfigoidi). Näistä sairauksista jotkut ovat yleisiä, kuten tyypin 1 diabetes tai kilpirauhastulehdus, ja toiset paljon harvinaisempia, kuten maksasairaus. Edellä mainittuja sairauksia voi esiintyä yksin tai yhdessä, kuten primäärinen sappikirroosi yhdessä systeemisen skleroderman (Reynoldsin oireyhtymä) kanssa.