KYLLÄ lupukseen voi liittyä useita autoimmuunisairauksia. Näiden yhteyksien taustalla on todennäköisesti yhteinen geneettinen perusta.

Sjögrenin oireyhtymä (autoimmuunisairaus, joka ilmenee pääasiassa suun ja/tai silmien kuivuutena) voi liittyä lupukseen noin 20 % tapauksista.

Lupukseen liittyy usein myös fosfolipidivasta-aineoireyhtymä, jolle on ominaista verihyytymien (tromboosien) muodostuminen valtimoissa tai laskimoissa ja tietyt vasta-aineet. Lupukseen voi liittyä muita systeemisiä autoimmuunisairauksia, kuten tulehduksellisia myopatioita tai sklerodermaa: tätä kutsutaan sekamuotoiseksi sidekudossairaudeksi (MCTD).

Lopuksi lupus voi liittyä "paikallisiin" autoimmuunisairauksiin, kuten kilpirauhastulehdukseen tai myasthenia gravisiin.