Ένα ερευνητικό πρωτόκολλο είναι μια μελέτη της οποίας στόχος είναι η βελτίωση των γνώσεων σχετικά με τη συχνότητα εμφάνισης, τους μηχανισμούς και τη θεραπεία μιας νόσου.

Γίνεται διάκριση μεταξύ πρωτοκόλλων βασικής έρευνας, τα οποία αποσκοπούν στη βελτίωση της κατανόησης των αιτιών της νόσου, και πρωτοκόλλων κλινικής και θεραπευτικής έρευνας, οι στόχοι των οποίων είναι η καλύτερη κατανόηση της νόσου και η δοκιμή νέων θεραπειών ή θεραπευτικών στρατηγικών σε σύγκριση με μια θεραπεία αναφοράς ή εικονικό φάρμακο.

Η ένταξη σε ένα από αυτά τα πρωτόκολλα μπορεί να γίνει μόνο μετά από τη συμφωνία του ασθενούς, ο οποίος έχει διαβάσει ένα ενημερωτικό δελτίο και έχει υπογράψει μια συγκατάθεση μετά από ενημέρωση. Η υλοποίηση ενός ερευνητικού πρωτοκόλλου απαιτεί την εξεύρεση χορηγού, τη σύμφωνη γνώμη μιας συμβουλευτικής επιτροπής για την προστασία των προσώπων και την εξασφάλιση χρηματοδότησης για την υλοποίηση και την πρακτική εκτέλεση της μελέτης.

Τα ερευνητικά πρωτόκολλα στον συστηματικό λύκο είναι ολοένα και περισσότερα. Συχνά πρόκειται για ευρωπαϊκά ή διεθνή πρωτόκολλα. Τα τελευταία 15 χρόνια έχουν οδηγήσει σε πολλές προόδους στη διαχείριση και στη γνώση νέων θεραπευτικών στόχων. Μεγάλες ελπίδες εναποτίθενται σήμερα στα νέα ανοσοτροποποιητικά φάρμακα που αξιολογούνται.