MR bruger protoners magnetiske energi til at undersøge mange organer som hjernen, rygsøjlen, leddene og blødt væv med stor præcision. Det er meget nyttigt, når der er behov for en meget fin analyse, og når nogle læsioner ikke er synlige med almindelige røntgenundersøgelser, ultralyd eller CT-scanninger. Det gør det muligt at få tværsnitsbilleder i forskellige planer og at rekonstruere den analyserede struktur i tre dimensioner.