Аутоімунне захворювання виникає внаслідок гіперактивності імунної системи, яка виходить за межі своєї компетентності по захисту від зовнішніх агентів і атакує власні клітини організму. Білі кров'яні клітини, які називаються лімфоцитами, "аномально" активуються зовнішніми факторами, які порушують роботу імунної системи у генетично схильних до цього пацієнтів. Активовані лімфоцити "атакують" тканини, діючи безпосередньо як Т-лімфоцити, або за допомогою аутоантитіл, що виробляються В-лімфоцитами.

Така тканинна агресія викликає запальну реакцію за допомогою інших клітин імунітету (поліморфноядерні клітини та макрофаги), що значно посилює пошкодження.

Аутоімунні захворювання є досить розповсюдженими, вони зустрічаються у 3 - 5% населення в таких країнах, як Франція.

Можна виділити два основних типи аутоімунних захворювань:

• - Системні аутоімунні захворювання, тобто захворювання, здатні вражати декілька органів та систем, наприклад ревматоїдний артрит, системний червоний вовчак, системний склероз (склеродермія), синдром Шегрена та деякі васкуліти. Ревматоїдний артрит зустрічається частіше (у близько 3 мільйонів пацієнтів в Європі). Інші захворювання, наприклад, СЧВ, на який страждають від 300 000 до 400 000 пацієнтів в Європі ,зустрічаються рідше,.

• - Аутоімунні захворювання окремих органів (тобто локалізовані в одному органі), такі як цукровий діабет I типу (ураження підшлункової залози), тиреоїдит (ураження щитовидної залози), розсіяний склероз (ураження головного та спинного мозку), ураження печінки (аутоімунні захворювання печінки) або ураження шкіри (бульозний пемфігоїд). Серед цих станів найбільш поширеними є цукровий діабет I типу або тиреоїдит. Значно рідше зустрічаються такі, як захворювання печінки. Ці захворювання можуть зустрічатися ізольовано або в комбінаціїї один з одним, наприклад, первинний біліарний цироз із системною склеродермією (синдром Рейнольдса).