IRM utilizează energia magnetică a protonilor pentru a studia cu mare precizie multe organe, cum ar fi creierul, coloana vertebrală, articulațiile și țesuturile moi. Este de mare folos atunci când este necesară o analiză foarte fină și când unele leziuni nu sunt vizibile la radiografiile standard, la ecografie sau la tomografia computerizată. Aceasta face posibilă obținerea de imagini în secțiune transversală în diferite planuri și reconstruirea în trei dimensiuni a structurii analizate.