Ilman hoitoa lupus etenee aktiivivaiheissa, jotka vuorottelevat suhteellisen rauhallisten vaiheiden kanssa. Valitettavasti tämä "luonnollinen" kulku johtaa ilman asianmukaista hoitoa todennäköisesti taudin vaurioittamien elinten, erityisesti munuaisten (munuaisten vajaatoiminta) ja aivojen, peruuttamattomiin vaurioihin, mutta se voi myös vaarantaa potilaan hengen.

Hoidon aikana lupus kehittyy yleensä kohti "remissiota": kliiniset oireet häviävät ja tietyt biologiset oireet, kuten DNA-vasta-aineiden taso, paranevat. Tumavasta-aineita esiintyy kuitenkin usein edelleen, vaikka lupus olisi täysin hallinnassa. Tavoitteena on ylläpitää "remissiota" minimiannoksella (pienin tehokas hoito).

Tämä tarkoittaa yleensä hoitoa synteettisellä malarialääkkeellä (hydroksiklorokiini), jota on käytettävä useita vuosia remissioon pääsemisen jälkeen.

Kortisonia ja joskus immunosuppressantteja määrätään myös pitkäaikaisesti.

Jos hoitoa noudatetaan hyvin ilman ennenaikaisia keskeytyksiä, sairauden aktivoitumisen riski on pienempi ja se on harvinaisempaa. Varhaisen ja riittävän intensiivisen hoidon avulla voidaan rajoittaa huomattavasti taudin seurauksia ja välttää kuolemaan johtava, hyvin harvinainen lopputulos.