Nadir bir durumdur. Beyindeki bir atardamarı tıkayan pıhtıya (tromboz) bağlı bir inme lupus hastalığı kaynaklı olabilir. Bu tromboz genellikle lupus ile beraber görüeln bir antifosfolipid antikor sendromu veya lupus hastalığında kalp damarı tıkanıklığının hızlanması nedeniyle ortaya çıkar. Nükslerin önlenmesi için genellikle uzun süreli kan sulandırıcı (antikoagülan) tedavi gerekir. Bu tedavi sırasında kanın pıhtılaşma düzeyini gösteren INR (Uluslararası Normalleştirilmiş Oran) değeri düzenli olarak takip edilir ve genellikle 2 ile 3 arasında tutulması hedeflenir. Antifosfolipid antikor sendromu (AFAS) varlığında ise bazı durumlarda hedef INR değeri 3 ile 3,5 arasında olabilir.

Bu inme ateroskleroza bağlıysa, lupus hastası olmayan hastalardaki normal bir inme gibi yönetilecektir. Genel popülasyonu etkileyebilen inme (ateroskleroz komplikasyonu) ile arasındaki farkı söylemek bazen zordur.