Sim, várias doenças autoimunes podem estar associadas ao lupus sistémico. Um terreno genético comum é provavelmente a causa destas associações.

No entanto, se o síndrome de Sjögren, que se carateriza principalmente pela boca seca e/ou olhos secos, pode estar associado ao lupus em cerca de 20% dos casos, é frequentemente menos grave e menos incapacitante do que o síndrome de Sjögren isolado (também chamado de primário). Do mesmo modo, a presença de anticorpos antifosfolípidos é um achado comum do próprio lupus. Quando estes anticorpos causam a formação de coágulos sanguíneos (trombose), é referido como síndrome antifosfolipído, mas é uma expressão clínica específica da doença. Quanto ao fenómeno de Raynaud, é um dos sinais frequentemente observados no lupus sistémico.

Mais raramente, o lupus sistémico pode estar associado a outra doença autoimune com expressão clínica tal como artrite reumatóide, esclerodermia ou miopatia inflamatória. A isto chama-se síndrome de sobreposição (Lupus sistémico + outra doença do tecido conjuntivo).