SIM, várias doenças autoimunes podem ser associadas ao lupus. Um terreno genético comum está provavelmente na origem destas associações. O síndrome de Sjögren (uma doença autoimune caraterizada principalmente pela boca seca e/ou olhos secos) pode estar associada ao lupus, em cerca de 20% dos casos.

O síndrome antifosfolípido, que se carateriza pela formação de coágulos sanguíneos (trombose) nas artérias ou veias, e anticorpos específicos, está frequentemente associado também ao lupus.

Outras doenças autoimunes sistémicas, tais como miopatias inflamatórias ou esclerodermia, podem ser associadas ao lupus: a isto chama-se doença mista do tecido conjuntivo.

Finalmente, o lupus pode estar associado a doenças autoimunes "localizadas", incluindo tiroidite ou miastenia gravis.