Rara vez están relacionados directamente con la actividad de la enfermedad. Sin embargo, los pacientes con lupus se quejan a menudo de dolores de cabeza. En la mayoría de los casos, se trata de las llamadas cefaleas "tensionales", causadas por el estrés y no relacionadas directamente con el lupus (salvo que el estrés puede estar relacionado con el hecho de padecer una enfermedad crónica).

A veces se trata de migrañas que son unilaterales y que a veces van precedidas de alteraciones visuales, o de sinusitis no relacionadas con el lupus. En raras ocasiones, las cefaleas pueden ser indicativas de una complicación específicamente relacionada con el lupus, como un ictus o hipertensión arterial. En estos casos, los dolores de cabeza se resisten (o son resistentes) a los tratamientos habituales para el dolor, persisten durante varios días y suelen ir acompañados de otros síntomas. Es necesario consultar rápidamente a su médico que, tras un examen clínico detallado, evaluará la necesidad de realizar exámenes neurológicos adicionales (TAC o RMN cerebral).