Без лечения волчанка прогрессирует в виде вспышек, чередующихся с фазами относительного спокойствия. К сожалению, такое "естественное" течение без надлежащего лечения может привести не только к необратимому повреждению органов, в частности почек и мозга, но и поставить под угрозу жизнь пациента.

При лечении волчанка обычно уходит в ремиссию: исчезают клинические признаки и улучшаются некоторые анализы, такие как уровень анти-ДНК антител. Однако антинуклеарные антитела часто остаются, даже когда волчанка полностью контролируется. Цель лечения —поддержание ремиссии с помощью минимальной дозы терапии (минимально эффективное лечение).

Обычно это означает лечение синтетическими противомалярийными препаратами (гидроксихлорохин, хлорохин), которые необходимо принимать в течение нескольких лет после достижения ремиссии.

Кортизон и иногда иммунодепрессанты также назначаются на длительный срок.

Если лечение проводится правильно, без несвоевременных перерывов, риск обострений снижается, и они возникают реже. Раннее и достаточно интенсивное лечение обострений позволяет значительно ограничить последствия и избежать летального исхода, который сегодня стал очень редким.