SÍ, diverses malalties autoimmunes es poden associar amb el lupus. Un terreny genètic comú és probablement l'origen d'aquestes associacions. La síndrome de Sjögren (una malaltia autoimmune expressada principalment per la boca i/o els ulls secs) es pot associar amb el lupus, aproximadament en el 20 % dels casos.

La síndrome d’anticossos antifosfolipídics, que es caracteritza per la formació de coàguls sanguinis (trombosi) en les artèries o venes, i uns anticossos particulars, sovint també s'associa amb el lupus.

Altres malalties autoimmunitàries sistèmiques, com miopaties inflamatòries o esclerodèrmies, es poden associar amb el lupus: això s'anomena síndrome de solapament o de superposició.

Finalment, el lupus es pot associar amb malalties autoimmunitàries localitzades, incloent-hi tiroïditis o miastènia gravis.